Naknadno vrenje i intenzivno zagrijavanje silaže započinje (naglo) ako je silaža slabo zbijena u silosu. U tom slučaju ti nepoželjni procesi prodiru dublje kroz silažnu masu, a očituju se već nakon nekoliko dana. Kao posljedica nastaju promjene na površini otvorene silaže i šire se oko 10 cm u dubinu. Naknadno vrenje može se spriječiti prskanjem otvorenih površina otopinom organskih i anorganskih kiselina.
Do naknadnog vrenja silaže dolazi pri dužem otvaranju silosa, ali i kod izuzimanja silaže za dnevnu hranidbu životinja. Vrenje nastaje zbog prisutnosti zraka (aerobni procesi u silažnoj masi) koji u silažnoj masi uzrokuje aktivaciju kvasaca i plijesni koji razgrađuju ugljikohidrate, bjelančevine, organske kiseline i time u kratkom vremenu izazivaju gubitke kvalitete i kvantitete silaže. Pored poželjnih bakterija mliječnokiselog vrenja u silaži se mogu razviti i neki nepoželjni mikroorganizmi.
Enterobakterije
Enterobakterije nastanjuju krmiva preko kojih se unose u silos. U silosu su nepoželjne jer se zajedno s bakterijama mliječno-kiselog vrenja natječu za šećere. Enterobakterije u silosu razgrađuju šećere do mliječne i octene kiseline, a dijelom i u alkohol. Kod te razgradnje stvara se i ugljik-dioksid, čime se gubi energija. Razgradnjom bjelančevina enterobakterije mogu smanjiti hranidbenu vrijednost silaže te pod određenim okolnostima stvoriti i štetne spojeve kao što su biogeni amini. U nekim silažama enterobakterije prerađuju nitrate u nitrite, pri čemu nastaje dušikov oksid (N0x), koji se kao otrovan plin skuplja ispod silo folije(oprez kod ispuštanja plina).
Klostridije
Klostridije se u silos unose preko krmiva onečišćenih zemljom. Saharolitičke klostridije razgrađuju ugljikohidrate i laktate do normaslačne kiseline. Razgradnjom kiseline raste pH-vrijednost, dolazi do „prevrtanja“ silaže pa proteolitičke bakterije postaju aktivne. Proteolitičke klostridije razgrađuju aminokiseline do izomaslačne kiseline i amonijaka. Klostridije se razvijaju u silosu bez prisustva zraka i negativno utječu na kvalitetu silaže.
Kvasci
Na krmivima su uobičajeno prisutni tzv. poljski kvasci koji se zajedno sa krmnom masom unose u silos gdje se razmnožavaju uslijed prisustva zraka. Kad nastanu anaerobni uvjeti, pojačano se razvijaju silažni kvasci koji i bez prisustva kisika mogu razgraditi šećer. Kako bi se smanjio broj kvasaca te time izbjegla naknadna fermentacija u postupku siliranja preporučuje se dobro zbijanje, brzo prekrivanje i istiskivanjezraka iz silažne mase.
Plijesni
Plijesni se također unose preko krmiva u silos, a razgrađuju šećer do octene kiseline i ugljik-dioksida. Određene vrste plijesni mogu proizvesti i otrove tzv. mikotoksine. Plijesni dobro podnose kiseli medij, pa se njihov razvoj ne može zaustaviti smanjenjem pH-vrijednosti. Za preživljavanje im je potreban kisik i zbog toga se mogu uništiti određenim tehničkim mjerama kod siliranja kao što su zbijanje i brzo prekrivanje silaže. Crvenkasta plijesan (Monascus ruber) vrlo često je prisutna u kukuruznoj silaži pri srednjoj zbijenosti silažne mase.
Penicillium vrste proizvode mnogobrojne toksične kemijske spojeve u krmi zbog čega predstavljaju potencijalnu opasnost za zdravlje ljudi i domaćih životinja. Aspergillus je jedan od najvažnijih rodova plijesni koje utječu na kvarenje posebice u toplijem klimatu. Unutar ovog roda utvrđeno je mnogo toksikogenih vrsta plijesni, od kojih su aflatoksikogene vrste istaknute kao najopasnije za zdravlje ljudi i domaćih životinja. Vrste iz roda Fusarium su raširene plijesni koje zajednički nastanjuju zračne i ispodpovršinske dijelove biljaka kao primarni ili kao sekundarni paraziti. U namirnicama plijesni iz roda Fusarium najčešće onečišćuju sjeme žitarica, uljarica i mahunarki. Hranidba domaćih životinja krmom onečišćenom mikotoksikogenim plijesnima može utjecati na smanjenje rasta domaćih životinja, nakupljanje toksina u mesu, mlijeku i jajima te izazvati ugibanje domaćih životinja. Konzumacija proizvoda životinjskog porijekla zaraženih mikotoksinima može negativno utjecati i na zdravlje ljudi.
Bakterije truljenja su štetne, razgrađuju proteine do amonijaka i amina, pri čemu pH vrijednost silaže raste, a karakteriziraju ih sljedeća svojstva,
• Produkti koje proizvode bakterije truljenja su neugodnog mirisa i okusa, čime se smanjuje palatabilnost silaže,
• Clostridium sporogens i Clostridium perfrigens razgrađuju bjelančevine do vrlo otrovnih amina (histamin, tiramin, putrescin i kadaverin), a takva silaža postaje opasna za zdravlje domaćih
životinja,
• U vlažnim silažama bakterije truljenja su aktivne, a najviše u ranoj fazi silažnog procesa, dok je pH vrijednost još uvijek visoka. U kasnijoj fazi mogu ponovno postati aktivne ako se pH opet povisi zbog djelovanja maslačno kiselinskih bakterija.
