Što plodovi imaju veći broj pregrada, sadrže manje sjemenki. Broj sjemenki u plodu ovisi o njegovoj krupnoći. U pravilu krupniji plodovi imaju više sjemenki i one su krupnije. Također, sjeme sorata nezavršenog tipa rasta, a kakve su većinom sorte koje se koriste za svježu potrošnju. Krupnije je od sjemena sorata završnog tipa rasta koje su uglavnom namijenjene za preradu. Sjeme s donje strane ploda bliže peteljki u pravilu je krupnije i teže od sjemena s gornje strane ploda. Sjeme rajčice je ovalno-okruglog oblika, spljošteno i blijedo žutosmeđe ili sivožute boje. Dugačko je 3 – 4 mm, široko 2,5 – 3,0 mm i debelo oko 0,5 mm. Odlikuje se visokim sadržajem ulja kojeg ima oko 20%.
Klijanje i nicanje sjemena
Sjeme rajčice počinje klijati kod temperature 9 oC, ali je klijanje i nicanje kod te temperature veoma sporo. Najpovoljnija temperatura za klijanje je 25 – 30 oC kod koje uz povoljnu vlažnost sjeme rajčice nikne za 5 – 6 dana. Tijekom klijanja prvo se razvija korjenčić. Nicanjem se ostali dio sjemenke iznosi na površinu tla, nakon čega puca sjemena ljuska i oslobađaju se supke. Rajčica je samooplodna biljna vrsta i do oplodnje dolazi unutar samog cvijeta. To svojstvo osigurava stabilnost prenošenja nasljednih osobina na potomstvo i olakšava proizvodnju sjemena.
S tog je razloga moguće uzgajati u vrtu i više sorata te njihove plodove koristiti za dobivanje sjemena. Važno je samo da ne dolazi do fizičkog miješanja biljaka i plodova. Iako klijavost ima formirano sjeme još u zelenim plodovima, za ekstrakciju sjemena uputno je izabrati sa zdravih biljaka potpuno zrele ili prezrele plodove. Plodovi također moraju biti potpuno zdravi i neoštećeni. Što je plod zreliji, sjeme će se lakše izdvojiti.
Izdvajanje sjemena iz ploda
Ubrani se plodovi zgnječe, iz mase se izdvoji mesnati dio i dijelovi pokožice, a sjeme se zajedno sa sokom ostavi u posudama da 2 – 3 dana fermentira uz miješanje nekoliko puta dnevno. Nakon fermentacije masa se procijedi, a ocijeđeno sjeme ispire vodom kako bi se odstranili lakši dijelovi pokožice koji plivaju, dok je sjeme teže i ono potone. Očišćeno sjeme se ponovo procijedi i u tankom sloju rasprostre, najbolje na pamučnu tkaninu i ostavi na suho, toplo i prozračno mjesto da se dobro prosuši. Nakon što se prosuši protare se tkaninom na kojoj se sušilo da se oslobode eventualno slijepljene sjemenke i dijelom skinu dlačice sa sjemena što će omogućiti kvalitetniju sjetvu.
Dobro prosušeno i očišćeno sjeme najbolje je pospremiti u označene papirnate vrećice i čuvati na suhom, prohladnom i tamnom mjestu.
Od jednog kilograma plodova dobiva se oko 4 grama sjemena. U povoljnim uvjetima čuvanja sjeme se može koristiti za sjetvu sljedeće tri godine.