Potrebno je također razlikovati ove parazitske bolesti od tzv. Fizioloških bolesti plodova jabuke ili neparazitskih bolesti. Takve neparazitske bolesti koje se također često pojavljuju na plodovima voća tijekom skladištenja i čuvanja su npr. gorke pjege, staklavost, jonathanove pjege, posmeđivanje pokožice, oštećenja od smrzavanja, brašnjavost, oštećenja od visoke koncentracije ugljičnog dioksida i dr.
Uzročnici parazitskih bolesti na plodovima jabuke i kruške u skladištima i hladnjačama su najčešće parazitske ili saprofitske gljivice, a vrlo rijetko neke vrste bakterija. Uglavnom se javljaju gljive iz sljedećih rodova: Gloeopsorium, Penicillium, Botrytis, Monilinia, Alternaria, Trichothecium, Phoma, Leptothyrium i Nectria.
One uzrokuju sljedeće bolesti:
Gleosporijska ili gorka trulež
Ovo je najčešća, najvažnija i najopasnija bolest na plodovima jabuke tijekom skladištenja. Simptomi bolesti manifestiraju se u početku kao svijetlosmeđe pjege s plitkim udubljenjima. Kasnije dolazi do truleži koja zalazi duboko u plod ispod pjega, međutim vrlo rijetko dođe do truleži cijeloga ploda. Na kraju se na površini pjega razvijaju smeđa plodišta gljivice, odnosno acervuli sa sporama u vidu koncentričnih krugova. Spore ili konidije gljivica dospiju na plodove jabuke još u tijeku vegetacije, a najviše pred samu berbu, jer je gljivica stalno prisutna na drvenastim organima voćke.
Bolest se razvija i očituje u skladištu, tek nakon određenog vremena fiziološkog sazrijevanja plodova. Od mjera zaštite preporučuje se primjena određenih fungicida dva puta pred berbu, s vremenom i razmacima tretiranja u ovisnosti o karenci korištenih fungicida. U našoj zemlji za ovu namjenu dozvolu imaju samo fungicidi: Euparen 50 WP (0,25%) i Euparen Multi (0,25%). Fungicida za primjenu na plodovima jabuke nakon berbe i tijekom skladištenja kod nas nema, iako u svijetu postoje neki fungicidi i za tu namjenu.
Zelena ili penicilijska plijesan
Ovu bolest uzrokuju saprofitske gljivice iz roda Penicillium. Bolest se još naziva i plava plijesan. Napadaju i plodove jabuke i plodove kruške. Tipični znaci oboljenja su trulež plodova, koja obično zahvati cijeli plod za razliku od prije opisane bolesti. Na površini napadnutih plodova razvijaju se karakteristične pljesnive nakupine gljivice zeleno-plave boje, koje predstavljaju konidiofore s konidijama. Također je za ovu bolest svojstven neugodan miris, koji je inače karakterističan za sve Penicillium vrste. Zeleno-plava plijesan se obično javlja u kasnijim fazama skladištenja na zrelim plodovima.
Kod ove je bolesti značajno spomenuti mikotoksine koje mogu producirati spomenute gljivice iz roda Penicillium. Takvi mikotoksini, ako su prisutni u većim koncentracijama u plodovima, mogu izazvati bolesti i druge zdravstvene probleme ili mikotoksikoze. Mjere zaštite su kao i kod sive plijesni, a u svijetu se koriste i fungicidi na bazi tiabendazola, koji ima jaki antipenicilijski učinak. Međutim, u velikom broju zemalja i kod nas taj je fungicid zabranjen zbog velike opasnosti od rezidua.