Način prezimljenja uzročnika biljnih bolesti, štetnika i korova vrlo je različit. Velik broj uzročnika biljnih bolesti prezimljuje i održava se upravo na zaraženim biljnim ostacima iz prethodne sezone. Zbog takvog načina prezimljenja, neki od biljnih parazita mogu se prije zimskog razdoblja ili prije sljedećeg proljeća relativno uspješno ukloniti iz nasada, usjeva ili parcele, čime se znatno umanjuju štete naredne godine.
Zdrave biljke bez pesticida
Profesionalni poljoprivredni proizvođači znaju i prepoznaju značaj takvih mjera, te ih nerijetko redovito provode. Kako je neke od tih mjera lakše provesti na manjim površinama, svakako se preporučuju u okućnicama, vrtovima ili manjim nasadima, gdje se nastoji očuvati biljke zdravima uz što manju uporabu ili bez uporabe sredstava za zaštitu bilja. Među voćnim kulturama, zarazu bolestima moguće je spriječitii uklanjanjem plodova zaraženih smeđom truleži, koji ostaju na stablu nakon završetka vegetacije.
Smeđu trulež uzrokuju parazitske gljive iz roda Monilinia (Monilia), koje napadaju uglavnom šljivu, breskvu, nektarinu, marelicu i trešnju, no nisu rijetke niti na višnji, kruški ili jabuci. Ovi uzročnici bolesti prezimljuju na zaraženim plodovima, koji se smežuraju, osuše, potamne i često ostaju na stablu, a nazivaju se „mumije“. Sljedeće proljeće, na takvim „mumijama“ nastaje masa spora ovih patogenih gljiva, pomoću kojih dolazi do zaraze cvjetova ili plodova. Uklanjanjem „mumija“ sa stabla, štetnost ove biljne bolesti može se znatno smanjiti.
Skupljanje otpalog lišća
Neki česti i štetni uzročnici bolesti prezimljuju u otpalom lišću. Ukoliko se takvo lišće sakupi i ukloni, smanjuje se izvor zaraze za sljedeću vegetaciju. Na orahu se svake godine javlja siva pjegavost, gljivična bolest koju uzrokuje Gnomonia juglandis. Ovaj parazit prezimljuje u otpalom lišću, pa sakupljanje takvog lišća može smanjiti jačinu zaraze sljedeće godine. Na ružama vrlo je česta zvjezdasta pjegavost, uzrokovana parazitskom gljivom Diplocarpon rosae.
I ovaj uzročnik bolesti prezimljuje u otpalom lišću, odakle se slijedeće proljeće počinje ponovno širiti. Sakupljanjem otpalog lišća ispod ruža,pojava zvjezdaste pjegavosti može se izrazito smanjiti, čak i spriječiti. U mediteranskom dijelu zemlje, veliki problem na agrumima, smokvi, breskvi, nektarini ili marelici može predstavljati mediteranska voćna muha (Ceratitis capitata). Ovaj štetnik osobito je raširen u južnom dijelu zemlje i predstavlja velik problem profesionalnim voćarima, prvenstveno uzgajivačima mandarina.
Mediteranska voćna muha može prezimiti u zaraženim plodovima, u kojima se razvijaju njene ličinke. Upravo stoga, higijena u voćnjacima ključna je u sprječavanju šteta od ove muhe naredne sezone.
Plodovi agruma koji nakon berbe ostaju na stablu trebali bi se sakupiti, kao i oni koji padnu na tlo. Dok je ova mjera svakako preporučljiva u vrtovima, okućnicama i manjim nasadima, u većim ili nasadima intenzivnog uzgoja, trebala bi biti shvaćena kao obaveza, osobito u glavnim područjima uzgoja agruma u Hrvatskoj.