Na gljivama se kao i na drugim kultiviranim vrstama tijekom uzgoja mogu javiti razne bolesti i štetnici. Uvjeti prikladni za uzgoj gljiva idealni su i za razvoj bolesti, koje uglavnom uzrokuju neke druge patogene gljive ili tzv. mikopatogene gljivice.
Najčešće bolesti koje uzrokuju mikopatogene gljivice na šampinjonima su meka trulež (Mycogone perniciosa), zatim suha trulež (Verticillium fungicola), paučinasta plijesan (Dactyllium dendroides), tartufska bolest (Diehliomyces microsporus), kao i razne plijesni iz rodova Trichoderma, Aspergillus, Penicillium, Cladosporium i dr. Umjerena temperatura, visoka vlažnost i tama pogoduju razvoju ovih mikopatogenih gljivica, koje za kratko vrijeme mogu uzrokovati velike štete na šampinjonima. U pojedinim slučajevima gubitci mogu iznositi i 100 posto. Prema našim zapažanjima, na šampinjonima je kod nas najčešća pojava meke i suhe truleži.
Meka trulež šampinjona
Uzročnik ove bolesti je mikopatogena gljivica Mycogone perniciosa. Karakteristični simptomi bolesti su deformacija plodišta i stručka gljive, zbog čega šampinjoni uopće nisu prikladni za prodaju. Gljivica može zaraziti šampinjone u svim fazama razvoja, uzrokujući spomenutu deformaciju plodišta i stručka tako da šampinjoni poprimaju ovalni ili jajasti oblik, a klobuk i stručak nemaju jasne oblike. Stručak je često jako zadebljan u odnosu na zdravi. Staničje šampinjona mijenja boju i postaje sivkastosmeđe.
Razvojem bolesti meso šampinjona omekšava (truli) i posmeđuje. Nakon toga se po plodištu javlja micelij mikopatogene gljivice, na kojem se stvaraju konidije ili infektivne spore koje šire zarazu. Razvoju bolesti pogoduje visoka vlaga, što je obično i redoviti slučaj kod uzgoja šampinjona. Od preventivnih mjera suzbijanja ove bolesti važna je uporaba dezinficiranog i sterilnog supstrata. Kod nas nema registriranih fungicida za ovu namjenu, a u svijetu se uglavnom koriste fungicidi na bazi prokloraza, kao što su preparati Mirage 45 EC, Sportak 45 EC i dr. Također, važno je održavati higijenu u uzgojnim prostorima šampinjona.
 i posmeđuje. Nakon toga se po plodištu javlja micelij mikopatogene gljivice, na kojem se stvaraju konidije ili infektivne spore koje šire zarazu.){kind=link}