Cilj upravljanja Natura 2000 područjima je održati ili poboljšati povoljno stanje očuvanosti ciljnih vrsta i staništa određenog područja. Često je to moguće bez propisivanja bitnih ograničenja. Zatim kroz provođenje mjera očuvanja od strane ljudi koji u suživotu s prirodom dijele svoj životni prostor s ugroženim vrstama i staništima.
Većinu aktivnosti i zahvata u Natura području moguće je provesti uz mjere ublažavanja mogućih negativnih utjecaja. Ponekad su potrebne tek manje prilagodbe. Prijedlozi većih razvojnih projekata ili promjena načina korištenja zemljišta trebaju proći postupak ocjene prihvatljivosti za ekološku mrežu. Ako se za zahvat ocijeni da nema značajan negativan utjecaj, zahvat se dopušta i ako se nalazi u području ekološke mreže.
Natura 2000 podržava načelo održivog razvoja i cilj joj nije zaustaviti sveukupne razvojne aktivnosti. Naprotiv, cilj joj je postaviti mjerila prema kojima će se one moći odvijati, a da pritom očuvaju biološku raznolikost. Kao takva, Natura 2000 može pružiti nove mogućnosti ruralnim područjima, primjerice kroz eko-turizam, rekreaciju ili prirodi blisku poljoprivredu i šumarstvo. Osnovni način upravljanja područjem ekološke mreže je donošenje plana upravljanja u suradnji s lokalnim dionicima. Njime se utvrđuju potrebne mjere i aktivnosti za očuvanje ciljnih vrsta i stanišnih tipova, kao i ekološke cjelovitosti toga područja.
Države članice EU interno propisuju kako se provode potrebne mjere u područjima ekološke mreže. Neke mjere su obavezne za sve korisnike prostora, a ako pritom oni dobivaju određena ograničenja radi kojih ostvaruju gubitak prihoda, imaju pravo na razmjernu naknadu. Brojne države utvrđuju većinu mjera kao dobrovoljne, pri čemu sektor zaštite prirode dogovara s pojedinim vlasnicima i korisnicima njihovu provedbu na dobrovoljnoj osnovi. Poljoprivrednici imaju pravo na dodatnu financijsku potporu iz odgovarajućih EU fondova ako se nalaze unutar područja NATURA 2000. Tim potporama se potiče poljoprivrednike da svoja poljoprivredna gospodarstva drže u dobrim okolišnim i poljoprivrednim uvjetima.
Izvor: Zavod za zaštitu prirode i okoliša
