Za zaštitu uskladištenih poljoprivrednih proizvoda od napada skladišnih štetnika postoje dvije skupine mjera. Prve su preventivne, ostale su kemijske i fizikalne.
Preventivne mjere uključuju one kod kojih je onemogućen ili barem otežan prodor štetnika (prvenstveno higijena, postavljanje mreže na prozorima i otvorima, repelenti, detaljno čišćenje). Zidovi objekta moraju biti glatki i bez pukotina, da bi se što manje prašine i štetnika zadržavalo na njima. Najvažnija preventivna mjera u zaštiti od skladišnih štetnika jest sama higijena skladišta. Higijena je najvažniji preduvjet za čuvanje uskladištene robe. Higijena podrazumijeva osiguranje optimalnih uvjeta kako bi se spriječilo smanjenje kakvoće i gubitci u količini uskladištenih poljoprivrednih proizvoda.
Osim higijene važna preventivna mjera je pravilna izgradnja objekta. Skladišta poljoprivrednih proizvoda moraju biti izgrađeni tako da omogućuju ekonomičnu i efikasnu zaštitu proizvoda od štetnika. Prodor štetnika u takve objekte treba biti onemogućen ili otežan. Najvažnija i najpristupačnija preventivna metoda u skladištima je mogućnost reguliranja vlage i temperature. Odstupanje od optimalnih temperatura razvoja, koja iznosi od 25-30 °C za većinu štetnika, dovodi do smanjenja pojave štetnika. Uvođenje hlađenja u skladišta sprječava razmnožavanje štetnika. Smanjiti ili čak otkloniti pojačanu pojavu štetnika može se žetvom ili berbom u vrijeme kad je zrno suho, ili naknadnim sušenjem vlažnog zrna.
Fizikalne metode
Fizikalne mjere zaštite uskladištenih proizvoda počinju se sve više primjenjivati, a neke se još uvijek istražuju. Fizikalni insekticidi ili inertna prašiva (glina, pijesak, zemlja, dijatomejska zemlja) primijenjena na zrna žitarica oštećuju kutikulu kukca, kukac gubi vlagu iz tijela te na kraju ugiba od dehidracije. Prirodna dijatomejska zemlja u uporabi je kao insekticid u suzbijanju skladišnih kukaca zbog svoje vrlo niske toksičnosti za toplokrvne organizme, praktično bezopasnih ostataka na obrađenim proizvodima i zbog dugotrajnoga djelovanja na kukce. U svijetu se od fizikalnih mjera koristi još entoleter, infracrvene zrake.
Jedna od fizikalnih metoda je i metoda hermetičkog skladištenja žitarica i drugih proizvoda u kontroliranoj atmosferi. U posljednjih nekoliko godina, istražuje se toksičnost ozona na štetnike uskladištenih proizvoda. Ozon djeluje smrtonosno na kukce koji se hrane na zrnu i u zrnu, na način da razara njihov dišni sustav. Dosadašnja su istraživanja pokazala toksični učinak ozona na skladišne štetnike žitarica iz reda Coleoptera: kukuruznog žižaka, rižinog žiška, crvenog brašnara i iz reda Lepidoptera: bakrenastog i brašnenog moljca. Ozon je također pokazao potencijal u suzbijanju kukaca rezistentnih na fosfin. Osim što djeluje toksično, primijenjen u manjim koncentracijama usporava kretanje kukaca, a time utječe i na lokaliziranje zaraze unutar skladišta.
Kemijske metode
U skladišnim sustavima smiju se koristiti samo određeni insekticidi na propisani način. Svrha primjene kemijskih mjera treba biti sprječavanje početka ili proširenja zaraze, a ne suzbijanje jake zaraze. Tretirati se mogu prazna skladišta ili se uskladišteni proizvodi mogu tretirati preventivno, pri unosu u skladišta ili nakon što su uočene prve zaraze. Insekticidi se mogu koristiti za tretiranje proizvoda i ambalaže, prostora te za vlažnu dezinsekciju. U slučajevima velike zaraze ponekad je potrebno provoditi proces fumigacije kako bi suzbilo štetnike te kako bi se njihov razvoj u potpunosti zaustavio.
Proces fumigacije je uspješan samo ako se u skladištu može održavati odgovarajuća koncentracija tijekom odgovarajućeg razdoblja izlaganja kako ne bi došlo do gubitka plina iz tretiranog prostora. Ti se uvjeti mogu postići samo u dobro zatvorenom skladišnom sustavu. Zbog visokog rizika otrovanja, fumigaciju provode posebno ovlaštene tvrtke s educiranim i tehnički osposobljenim djelatnicima. Najčešća je fumigacija praznog prostora skladišta, silosa, mlinova, a ponekad se tretiraju uskladišteni proizvodi. Svaka primjena fumiganata mora biti obavljena u skladu s preporukama proizvođača.
Popis dozvoljenih aktivnih tvari za suzbijanje skladišnih štentnika i/ili tretiranje skladišnih prostora prikazan je tablicom; preuzet je sa stranica FIS baze. Sivo su označena sredstva kojima se provodi fumigacija.