U natprosječno vlažnim godinama bilježimo veće štete od “skladištne” krastavosti (Venturia inaequalis), smeđe truleži plodova (Monilinia fructigena),gorke truleži (Colletotrichum spp. = sin. Gleosorium spp.) i meke truleži plodova jabuke (Penicillium spp.). U izrazito mokrim sezonama na nedovoljno zaštićenim urodima jabuka još se pojavljuju gljivice iz rodova Phytophthora, Botrytis, Botryosphaeria, Aspergillus, Mucor, Corticium i Rhizopus, a u ekološkoj su proizvodnji jabuke poseban problem Gloedes pomigena i Schizothyrium pomi. Za izrazito sušnih godina, kad tijekom ljeta bilježimo vrlo visoke temperature, nisku relativnu vlažnost zraka i vrlo rijetke oborine možemo očekivati razvoj određene skupine uzročnika gnjiloće plodova koje uzrokuju gljivice roda Stemphylium, Fusarium, Alternaria, Trichotecium, Coniothyrium, Ulocladium i Phyllosticta.
Također, bilježimo značajne štete od neparazitskih bolesti jabuka ili fiziopatija tijekom ekstremnih godina, posebice od gorke pjegavosti kao posljedica nedostatka kalcija (engl. bitter pit), staklavosti plodova (engl. water core) i paleži kožice (engl. scald). Kako je proizvodna sezona 2006. tijekom travnja, svibnja i lipnja na većini lokaliteta kontinentalne Hrvatske bila natprosječno vlažna, valja očekivati dominantne patološke poremećaje jabuke u skladištenju tipične u takvim proizvodnim uvjetima. Krastavost, smeđu trulež, gorku trulež i meku trulež plodova jabuke.
Zbog vrlo povoljnih uvjeta za primarne zaraze uzročnikom krastavosti (Venturia inaequalis) u početku vegetacije ove su godine prvi znakovi u slabije zaštićenih nasada ili na netretiranim stablima mogli biti primijećeni već potkraj travnja ili poćetkom svibnja. Bitka protiv ove najopasnije gljivične bolesti u integriranoj proizvodnji jabuke traje gotovo 6 mjeseci. Moguće vlažno razdoblje tijekom kolovoza može pogodovati vrlo kasnim infekcijama ili zarazama plodova jabuke. Isti se u stadiju inkubacije (bez vidljivih simptoma) mogu unijeti u skladište (ULO hladnjače).
U tom slučaju naknadno se tijekom skladištenja razviju crne pjege na kožici plodova (osobito uočljive na sorti Zlatni delišes). Dugo se godina za uzročnika smeđe truleži plodova jabuka (Monilinia fructigena) smatralo da je parazit rana (pr. od tuče, uzročnika crvljivosti i dr.). No, uz dugotrajno vlaženje plodova, visoku vlažnost zraka i jači potencijal bolesti moguće su i izravne infekcije kroz neoštećeno tkivo. Moguće su i naknadne infekcije monilijom i tijekom skladištenja. Osobito u priručnim prostorijama (npr. podrumu), ako je temperatura zraka previsoka za čuvanje jabuka.
Na kožici ploda jabuke razvija se smeđa pjega. Ona se brzo povećava, zahvaća veći dio ili cijeli plod, uz potpuno propadanje unutrašnjosti mesa. U voćnjaku se na plodu oblikuju koncentrično poredani žutosivi jastučići. U skladištima se razvija i tzv. crna ili sterilna monilija. Plodovi posve pocrne, tkivo ispod tamne kožice je smeđe boje. Nema formiranja konidija u obliku koncentrično poredanih jastučića na površini plodova. Uzročnik ove bolesti je Monilia laxa f.sp. mali.
Gorka trulež plodova (Colletotrichum spp. = Gleosporium spp.) najćešće je opisana bolest jabuka tijekom čuvanja u specijaliziranim hladnjačama. Zaraze jabuka uzročnikom gorke truleži nastaju tijekom vegetacije, osobito u posljednja dva mjeseca uoči berbe. Infekcijama u tom razdoblju osobito pogoduju učestale i obilne kiše, pr. kao tijekom 2005. godine kad smo simptome gorke truleži pronalazili na stablima sorte Idared prije početka berbe.
Ipak, znakovi ove bolesti se najčešće pojavljuju u hladnjači, često od siječnja do kraja čuvanja jabuka. Posljedice se prepoznaju kao svijetlosmeđe okrugle pjege koje poslije potamne. Gljiva ispod kožice prodire na površinu, oblikujući prljavobijele vataste nakupine. U vlažnoj atmosferi iz kožice izbiju nespolna otvorena plodišta (acervuli) iz kojih izlaze spore u crvenkastonarančastoj sluzastoj masi. Unutrašnji dio ploda, ispod pjege, ima prema sjemenjači svijetlosmeđu boju u obliku slova V, mekan je i gorkog okusa.
